Keine Operation ist völlig frei von Risiken. Sowohl während des Eingriffes als auch danach können unvorhergesehene Komplikationen auftreten. Das Risiko für unerwünschte Zwischenfälle wird im Wesentlichen von der Art der Operation, aber auch vom Gesundheitszustand des Patienten (Art und Schwere von Grunderkrankungen und eventuelle Begleiterkrankungen) und dessen Lebensalter bestimmt. 

Prinzipiell sind größere Operationen (z.B. Herzoperationen) risikobehafteter als solche, die ein geringeres Ausmaß haben (z.B. Eingriff am Knie). Zudem werden medizinische Eingriffe im Allgemeinen von jüngeren und gesunden Patienten besser verkraftet als von älteren oder kranken Personen. Auch wenn jede Art von Operation ihre eigenen Risiken mit sich bringt, gibt es auch allgemeine Komplikationen, die bei jedem operativen Eingriff auftreten können. Auf die wichtigsten dieser Komplikationen soll im Folgenden näher eingegangen werden.

Zu den häufigsten postoperativen Komplikationen zählen Übelkeit und Erbrechen, im englischen als „post operative nausea and vomiting“ (PONV) bezeichnet. PONV wird durch mehrere Faktoren hervorgerufen. Neben einer gewissen Veranlagung für Übelkeit spielen vor allem auch die Art der Operation und die Wirkstoffe, welche für die Anästhesie verwendet wurden, eine große Rolle. Vor allem nach einer Vollnarkose kommt es häufiger zu Übelkeit und Erbrechen. Aber auch die Anwendung einer Regionalanästhesie kann diese Komplikationen nach sich ziehen.

Übelkeit und Erbrechen sind zwar sehr unangenehm, in der Regel aber unbedenklich und selbstlimitierend. Meist werden schon während der Operation übelkeitsverringernde Medikamente (Antiemetika) wie z.B. Dexamethason verabreicht. Zusätzlich kann durch den Verzicht von Narkosegasen und die ausschließlich intravenöse Gabe von Narkosemitteln (z.B. Propofol) bei der Allgemeinanästhesie das Auftreten von postoperativer Übelkeit verringert werden. Dennoch lässt sich das Übelkeitsgefühl nach einer Operation nicht immer gänzlich vermeiden, sodass eine zusätzliche postoperative Gabe von übelkeitsvermindernden Medikamenten erforderlich sein kann.

Eine Operation ist immer ein Eingriff in den Körper und zieht häufig Schmerzen nach sich, welche für die Patienten sehr unangenehm sein können. Zusätzlich zur Beeinträchtigung des Allgemeinbefindens wirken sich Schmerzen jedoch auch negativ auf den Heilungsverlauf aus. So können Schmerzen nicht nur das Herz-Kreislaufsystem, den Magen-Darm-Trakt und die Lungenfunktion beeinträchtigen, sondern führen unter Umständen auch zu einer Schwächung der Abwehrkräfte gegenüber Infektionen. Zudem wird durch das Schmerzempfinden die Durchführung krankengymnastischer und atemtherapeutischer Übungen erschwert. 

Aus diesem Grund nimmt die postoperative Schmerztherapie eine zentrale Rolle ein. Hierfür steht eine Reihe von Schmerzmedikamenten in Form von Tabletten, Zäpfchen und Injektionen zur Verfügung. Häufig werden die Wirkstoffe Ibuprofen und Paracetamol verabreicht, bei starken Schmerzen werden aber auch Opiate (z.B. Morphium, Codein) zur Schmerzkontrolle angewendet. 

Zudem können die Schmerzmedikamente auch über einen venösen Zugang direkt in die Blutbahn injiziert werden. Bei der sogenannten Patientenkontrollierten Analgesie (PCA) können sich Patienten per Knopfdruck über diesen venösen Zugang und eine daran angeschlossene Infusionspumpe je nach Bedarf eine Schmerzmitteldosis selbst verabreichen. Die Pumpe ist dabei so eingestellt, dass sie nur eine bestimmte Maximaldosis pro Zeiteinheit abgibt. Alternativ können auch über einen im Rahmen der Periduralanästhesie angelegten Periduralkatheter Betäubungsmittel im Bereich der Wirbelsäule verabreicht werden, um eine Schmerzfreiheit in bestimmten Körperregionen (z.B. Beinen) zu erreichen.

Bei einer Operation werden Blutgefäße beschädigt. Während kleinere Blutungen durch die körpereigene Blutgerinnung gestoppt werden, müssen bei größeren Blutungen die Gefäße chirurgisch wieder verschlossen werden, um einen übermäßigen Blutverlust und Blutdruckabfall zu verhindern.
Auch wenn während der Operation alle Blutungen gestoppt werden, kann es dennoch direkt im Anschluss an den Eingriff oder teils mehrere Tage danach aufgrund von beschädigten oder wieder aufgegangenen Blutgefäßen zu Nachblutungen kommen. Diese können so gering sein, dass sie nicht bemerkt werden, jedoch sind auch stärkere Blutungen möglich. Einblutungen ins Gewebe können dabei die Entstehung von Blutergüssen (blaue Flecke, Hämatome) zur Folge haben.

Zur Stoppung von Nachblutungen kann mit Druckverbänden, Tüchern und Tupfern gearbeitet werden. Bei massivem Blutaustritt sollte umgehend ärztliche Hilfe herbeigeholt werden. Unter Umständen kann auch eine erneute Operation zur Blutstillung notwendig sein, bei der die Wunde erneut geöffnet und die Blutungsquelle beseitigt wird.

Jeder operative Eingriff ist mit der Entstehung einer Wunde verbunden. Trotz strenger Hygiene-vorkehrungen lässt es sich nicht immer vermeiden, dass Keime in die Wunde gelangen und Entzündungen hervorrufen. Wundinfektionen sind meist die Folge eines Eintrittes von Bakterien in die Wunde und werden in selteneren Fällen von Viren, Pilzen oder Parasiten verursacht. Typische Anzeichen einer Wundinfektion sind Schmerzen, Rötung, Erwärmung und Schwellung im Wundgebiet, teilweise verbunden mit dem Austritt von Eiter aus der Wunde. 

In der Regel sind Wundinfektionen gut behandelbar. Zunächst wird die Wunde gespült, um einen Teil der Keime und abgestorbenes Gewebe aus der Wunde zu entfernen. Meist verschreibt der behandelnde Arzt zur Bekämpfung der Infektion ein Antibiotikum. Ein täglicher Verbandswechsel und Wunddesinfektionen können den Heilungsverlauf zusätzlich unterschützen. 

In schwerwiegenden Fällen kann sich die Infektion über die Blutbahn im Körper ausbreiten und zu einer lebensbedrohlichen Blutvergiftung (Sepsis) führen. In diesen Fällen ist eine sofortige, systemische Antibiotika-Gabe notwendig.

Von einer Wundheilungsstörung spricht man, wenn Wunden nicht oder nur schlecht verheilen. Postoperative Wundheilungsstörungen stellen bei allen chirurgischen Eingriffen eine gefürchtete Komplikation dar. In vielen Fällen werden sie durch Wundinfektionen und Entzündungen hervorgerufen. Oftmals spielen aber auch patientenindividuelle Ursachen wie beispielsweise Rauchen, hohes Lebensalter, Stoffwechselerkrankungen (z.B. Diabetes), Medikamente und Durchblutungsstörungen eine bedeutende Rolle. 

Zudem gilt auch Mangelernährung als Risikofaktor für Wundheilungsstörungen. Ein Mangel an spezifischen Makronährstoffen (vor allem Proteinen) und Mikronährstoffen (Vitamine und Spurenelemente) beeinträchtigt den Heilungsverlauf, da die physiologischen Prozesse bei der Wundheilung ohne diese Nährstoffe nicht richtig ablaufen können. Aus diesem Grund gewinnen Ernährungsinterventionen zur Prävention und Therapie von Wundheilungsstörungen in den letzten Jahren zunehmend an Bedeutung. 

Für die Behandlung von Wundheilungsstörungen werden meist spezielle Wundauflagen und Verbände (z.B. Hydrokolloid- oder Alginatverbände) verwendet, welche durch die Aufrechterhaltung eines feuchten Wundmilieus und die Bindung von Wundsekret und Zelltrümmern die Abheilung der Wunden begünstigen. Zudem wird die Wunde regelmäßig mit antiseptischer Spüllösung gesäubert.

Bei einer Operation lässt sich die Narbenbildung nicht vermeiden. Damit die Narben so unsichtbar wie möglich sind, muss der Eingriff gut geplant werden. In der Regel wird der chirurgische Schnitt in einem möglichst wenig sichtbaren Bereich meist in Richtung der Hautspaltlinien gesetzt. 

Verläuft die Wundheilung normal, bilden sich unauffällige Narben. In seltenen Fällen kann es jedoch zur Bildung kosmetisch und teils auch funktionell störender, abnormaler Narben kommen. Hierbei ist zwischen wulstigen (hypertrophen) Narben, wuchernden Narben (Keloiden) und eingesunkenen (atrophen) Narben zu unterscheiden. Diese können für die betroffenen Patienten sehr belastend sein. 

Nach heutigem Stand wird davon ausgegangen, dass Störungen in den verschiedenen Phasen des Wundheilungsprozesses für die abnormale Narbenbildung verantwortlich sind. Die exakten Mechanismen dahinter sind jedoch noch nicht gänzlich verstanden. Als Prävention wird empfohlen, die Wunde nach einer Operation zu schonen und vor Bewegung zu schützen. Krankhaftes, überschießendes Narbengewebe bildet sich besonders dann, wenn die Wunde Zugkräften ausgesetzt ist. 

Generell ist davon auszugehen, dass die Unterstützung einer normalen Wundheilung einer Bildung deutlicher Narben entgegenwirkt. Zudem gibt es verschiedene chirurgische und nichtchirurgische Methoden, um abnormale Narben zu reduzieren.

Chirurgische Eingriffe sind eine große Herausforderung für den gesamten Körper. Vor allem das Herz-Kreislauf-System wird bei größeren Operationen unter Narkose stark belastet. Daher können sowohl während als auch nach der Operation Störungen der Herz- und Kreislauffunktion, in seltenen Fällen auch ein Herz-Kreislauf-Versagen auftreten. Von solchen Störungen sind vor allem Patienten mit bereits bestehenden Herz-Kreislauf-Erkrankungen (z.B. Herzrhythmusstörungen, Bluthochdruck) gefährdet. 

Durch das verlängerte Liegen bei einer ausgedehnten Operation besteht außerdem das Risiko von Thrombosen (Bildung von Blutgerinnseln), die z.B. in der Lunge zu einem Gefäßverschluss führen können (Lungenembolie). Mit Hilfe von Kompressionsstrümpfen oder Heparin-Spritzen kann Thrombosen vorgebeugt werden. Weitere Komplikationen, die die Lunge betreffen, können Lungenentzündungen (vorwiegend bei älteren Patienten) und sehr selten Lungenversagen sein.